FBI 특별 수사관인 레이 르보이(Ray Levoi: 발 킬머 분)는 백인과 인디언 혼혈인 아버지로부터 수우 인디언족의 피를 이어받은 인디언 혼혈이다. 워싱턴에서 수사관으로서의 경력을 인정받고 있을 즈음, 국장으로부터 사우스 다코다주 배드랜즈에 있는 '인디언 보호 구역'에서 일어난 살인 사건을 수사하고, 같은 인디언으로서, 그곳의 전통 회귀파와 친정부파간의 갈등 해소를 위해 애써달라는 부탁을 받는다. 그와 함께 일할 요원은, FBI 내에서도 최고의 수사관으로 인정받고 있는 프랭크 쿠텔(Frank Coutelle: 샘 셰퍼드 분)이다.
일반적인 살인 사건 수사 정도로 생각하고 인디언 보호 구역에 도착한 레이는, 그 사건이 단순한 살인 사건이 아니라는 강한 예감과 함께, 마을 전체에서 뭔가 불길한 분위기를 느낀다. 쿠텔 수사관은 살인 사건의 범인으로 인디언 권리 회복 단체인 전통 회귀파 ARM의 지도자인 '지미 두번 쳐다봐'(Jimmy Looks Twice: 존 트루델 분)를 지목하고, 사건을 자꾸 그쪽으로 몰고 가려고 하는데.
[스포일러] 한편, 친정부파인 주민 대표, 잭 밀튼(Jack Milton: 프레드 워드 분)이 이끄는 '마을 경비대'는 전통 회귀파들을 무자비하게 탄압하고, 쿠텔은 묘하게 그들을 감싼다. 혼란에 빠져 있는 레이 앞에 원주민 경찰인 '월터 말까마귀(Walter Crow Horse: 그레이엄 그린 분)'가 나타나, 살인 사건에 대한 정보를 귀띔해 주고, 그 마을의 주술사인 고령의 '샘 다다르다'(Grandpa Sam Reaches: 테드 틴 엘크 분) 노인에게 그를 데려간다. 샘 노인은, 영령들을 통해, 레이가 부족들을 구하기 위해 그곳에 온 인물, 즉 과거 영웅이었던 '천둥가슴'의 재림이라는 것을 알고, 레이에게 위기에 처해있는 동족들을 구해 달라고 요구한다. 샘 노인과, 말까마귀 경관, 그리고 헌신적으로 주민을 위해 봉사해 온 용기있는 여인 '매기 독수리 곰'(Maggie Eagle Bear: 셸리아 토시 분) 등의 모습을 보면서 레이는 점점 인디언으로서의 자신의 정체성에 눈뜨기 시작한다.
말까마귀 경관의 도움을 얻어 살인 사건을 수사하던 중, 레이는 고라니 고원에서 매기 곰독수리의 시신과 함께 곳곳에 파헤쳐진 우라늄 광을 발견한다. 그 우라늄 광은 보호 구역을 황폐화시킨다는 이유로, ARM 주도 하에 주민들이 수년간 반대 운동을 벌여온 사안이었을 뿐만 아니라, 보호 구역의 젖줄인 '작은 걸음 강'의 수원지이기도 해서, 주민 전체의 사활이 걸린 중요한 문제였다. 결국, 레이는 이번 살인 사건이 우라늄광 개광 반대를 주도해 온 ARM을 붕괴시키기 위해, 미국 정부와 밀튼 패거리가 교묘하게 조작한 사건이었다는 것을 알아낸다. 레이가 모든 비밀을 알아냈다는 사실을 안 쿠텔과 밀튼은 그를 체포하려고 추격하지만, 레이는 샘 노인의 말대로 고라니 고원 뒤의 요새로 차를 몬다. 쿠텔과 밀튼 패거리에게 쫓겨 요새에 도착한 레이는 말까마귀와 함께, 더러운 협잡보다는 용기 있는 죽음을 택하기로 하고 무기를 버리는데, 그 순간 샘 노인이 대기시킨 주민 수십 명이 절벽 위에서 쿠텔 일당을 포위한다. 결국 사건은 FBI 내에서 자체 조사하는 식으로 축소 은폐되고, 레이는 FBI에서 면직 당한다. 그러나 그는 오랜 동안 수치스러워하며 외면해 왔던 인디언으로서의 자기 자신을 당당하게 인정할 수 있게 된 것을 뿌듯해 하며, 자신이 발견한 비밀을 언론 기관에 알리기 위해 길을 떠난다.