제임스 클레이튼(콜린 파렐 분)은 전형적인 신입 첩보요원의 자질을 갖추고 있진 않지만 명문 MIT를 졸업한 수재이다. 게다가 CIA의 첩보요원 선발관인 동시에 베테랑 훈련교관인 월터 버크(알 파치노 분)가 그를 탐내고 있다. 제임스는 CIA의 임무가 자신의 평범한 일상과 삶을 바꾸어줄 자극이 될 것이라고 믿고 강한 흥미를 느끼게 된다. 그러나 풋내기 신입 요원에서 최정예의 베테랑 첩보요원으로 연마되기 전 제임스는 먼저 "첩보요원 사육장"에서 목숨을 건 지옥훈련을 통과해야만 된다.  버크의 각별한 관심과 지도를 받으면서 동료들 중에서 최고의 성적을 기록하며 앞서던 제임스는 여성 동료인 레일라(브리짓 모이나한)와 사랑에 빠지게 된다. 하지만 제임스가 자신의 역할과 임무에 대해 서서히 의심을 갖게 될 무렵 버크는 제임스에게 CIA 내부에서 암약하는 이중 스파이를 색출하라는 명령을 하달한다. 서스펜스 넘치는 추격전이 클라이맥스를 향해 전개되면서 제임스는 CIA의 계율들 - 어느 누구도 믿지 말라! 그 어떤 것도 눈에 보이는 액면 그대로 믿지 말라! - 이 진실이라는 것을 깨닫게 된다.